5 Ağustos ve 28 Eylül 2016 tarihlerinde Yozgat ve Kayseri'de Fetullahçı Terör Örgütü/Parelel Devlet Yapılanması'na (FETÖ/PDY) yönelik soruşturma kapsamında Kayseri Şeker Fabrikası ve Boğazlıyan Entegre Tesisi'nde aralarında Kayseri Şeker Fabrikası Yönetim Kurulu Üyesi ve eski Genel Müdürü Levent Benli, Genel Müdür Yardımcısı Mehmet Özoğul ve Boğazlıyan Entegre Tesisi Müdürü Bilal Karaköse’nin de bulunduğu 22 kişi gözaltına alınmıştı. Bir kısım sanıklar tutuklanırken, bir kısım sanıklar tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılmıştı.
Boğazlıyan Başsavcılığı dosyayı hazırlayıp Yozgat Başsavcılığı’na gönderdi. Dosyayı inceleyen Yozgat Başsavcılığı’nın Kayseri’de soruşturması sürdürülmek üzer Kayseri Başsavcılığı’na dosyayı gönderdiği ortaya çıktı.